Il palazzo che ospita il museo, suddiviso in tre piani, presenta un'architettura che è espressione di un sentimento religioso e liturgico più che museale in senso stretto. Le nove sale del museo si articolano in due sezioni: la prima è dedicata agli arredi liturgici della cattedrale, la seconda ospita gli arredi di altre chiese della diocesi ed include anche la pinacoteca. La nona sala è dedicata al fercolo argenteo sul quale si conducono in processione le reliquie di S. Agata, patrona della città. Fra le varie sale, evidenziamo in particolare la II, che espone il tesoro della Cattedrale, e la VII, che ospita la Pinacoteca. Qui sono esposti alcuni preziosi dipinti: una